Es el área encargado de proteger y recuperar, según corresponda, aquellos espacios que constituyen muestras de grandes ecosistemas terrestres, ríos o arroyos de la provincia y paisajes y formas de relieve singular o único.

De esta tarea se desprenden algunas de las siguientes acciones diarias:

• Proteger muestras de la totalidad de los ambientes naturales y especies de la Provincia de Misiones, preservando su carácter de bancos genéticos, de reguladores ambientales y de fuentes de materias primas a perpetuidad, mejorando cuando corresponda, su productividad.
• Conservar en su lugar de origen los recursos genéticos.
• Proteger ecosistemas ambientales y habitats terrestres y acuáticos que alberguen especies migratorias, endémicas, raras, amenazadas y de uso comercial.
• Proteger los ambientes que circundan las nacientes de cursos de agua, garantizando su subsistencia a perpetuidad.
• Mantener la diversidad biológica, genética, y los procesos ecológicos y evolutivos naturales.
• Conservar el patrimonio natural, cultural, arqueológico y paleontológico.
• Preservar el paisaje natural.
• Minimizar la erosión de los suelos.
• Realizar investigaciones en Áreas Naturales Protegidas tendientes a encontrar opciones de modelos y técnicas para el Desarrollo Sustentable.
• Promover los valores y principios de la conservación de la naturaleza y de las Áreas Naturales Protegidas, por iniciativa de la autoridad de aplicación o en coordinación con establecimientos educativos de todos los niveles.
• Asegurar la preservación de todo el material genético existente y la libre ocurrencia de los procesos dinámicos que se dan en la naturaleza, tales como la evolución biótica, edáfica y geomórfica, los flujos genéticos, los ciclos biogeoquímicos y las migraciones animales.
• Dotar a las Áreas Naturales Protegidas de la infraestructura, equipamiento y recursos humanos necesarios, que permita la investigación científica de los ecosistemas y sus componentes, el desarrollo de actividades educativas y la implementación del sistema de control y vigilancia.
• Promover el Turismo Ecológico.