La dirección de Biodiversidad es la encargada de llevar adelante el Programa de Biodiversidad de la Provincia de Misiones, del mismo se desprende la planificación y ejecución a través de un enfoque por ecosistemas en cuanto a los recursos biológicos, fauna y flora y la formulación de políticas para el desarrollo sustentable en relación a las áreas protegidas.

Por otro lado se realizan documentos de análisis sobre los procesos de conservación de la biodiversidad y gestión del medioambiente y formular propuestas de acción que contemplen entre otros: investigación, diagnóstico, planificación, seguimiento y evaluación de proyectos sobre temas ambientales y de desarrollo sustentable.

Funciones

1. Administrar los recursos de la fauna y de la flora silvestre en función de la caza, pesca, cría en cautiverio y acuicultura, estableciendo las condiciones en que condiciones deben desarrollarse las mismas conforme a la legislación vigente.-
2. Coordinar la protección y conservación de las especies nativas con el uso y aprovechamiento de los demás recursos naturales que constituyen el medio (abrigo, refugio y alimento) de los mismos.-
3. Planificar, desarrollar y coordinar con otros organismos los proyectos de investigación sobre diversidad biológica y alternativas de uso.-
4. Reglamentar, fiscalizar las actividades propias de la crianza y el aprovechamiento sustentable de las especies nativas y exóticas, en cualquiera de sus formas y modalidades.-
5. Apoyar en la elaboración de los Planes de Manejo de la Áreas Naturales Protegidas.-
6. Mantener el registro y estadística sobre el aprovechamiento de la Diversidad Biológica.-
7. Supervisar, Evaluar y Autorizar la liberación de especies de fauna provenientes de otras jurisdicciones y/o decomisos.-
8. Ejercer el control y fiscalización con el cuerpo de Guardafaunas y en coordinación con el Cuerpo de Guardaparques, Guardabosques y Fuerzas de Seguridad (Gendarmería Nacional, Policía de la Provincia, Prefectura Naval Argentina), Guardaparques Nacionales y miembros de Comunidades Aborígenes, para que se efectúen controles amplios en el cumplimiento de las Leyes y Reglamentos vigentes.-
9. Aplicar las Leyes de Pesca, Biodiversidad, Conservación de la Fauna Silvestre, de Acuicultura y de Bosques.-
10. Ejecutar toda otra responsabilidad inherente a la fundamentación de su creación especialmente en la formulación y coordinación de políticas para el Desarrollo Sustentable de los Recursos Naturales Silvestres de la provincia
11. Desarrollar toda otra función que le sea solicitada por la superioridad y que haga a un mejor desenvolvimiento del área.-